On ne saurait nier à quel point l’évolution contemporaine des sciences de la vie, et au premier titre celle de la biologie moléculaire, est redevable de l’approche par séquençage des génomes. Toutefois, cette stratégie, qui implique de grandes quantités d’ADN – obtenues généralement en faisant croître une large population de cellules identiques – ne convient pas à la très grande majorité des microorganismes, qui ne se prêtent pas à la culture en laboratoire. À cet effet, le projet de Sébastien Rodrigue propose d’utiliser une approche innovatrice de séquençage de génomes entiers sans étape préalable de croissance cellulaire.
Pour démontrer le bien-fondé et le potentiel de cette stratégie, le chercheur étudiera Chlamydia trachotamis, une bactérie très difficile à cultiver en laboratoire; il s’agit de l’agent causal de la chlamydia, qui demeure l’infection transmise sexuellement la plus répandue au Québec. En dépit de l’existence de moyens de détection et de traitement (l’antibiotique azithromycine échoue maintenant dans 10 à 15 % des cas), la fréquence de cette infection n’a jamais diminué depuis 15 ans; pire encore, elle continue d’augmenter. M. Rodrigue dispose pour cette étude de deux populations de C. trachomatis, l’une recueillie lors de l’infection initiale et l’autre après un traitement non fructueux ou issu d’une infection persistante. De là, certaines cellules intéressantes seront sélectionnées – utilisant cette nouvelle approche dite « à cellules individuelles » – en vue d’un séquençage complet de leur génome, ce qui permettra d’identifier des mutations qui sont vraisemblablement en cause dans la résistance aux antibiotiques.
La nouvelle approche utilisée par Sébastien Rodrigue a le potentiel de contribuer de manière importante à l’essor de la génomique ainsi qu’à celui de la médecine personnalisée.
