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Variant Omicron: 4 choses qu’il est trop tôt pour savoir

Les articles du Détecteur de rumeurs sont rédigés par des journalistes
scientifiques de l’Agence Science-Presse. Les Fonds de recherche du Québec et
le Bureau de coopération interuniversitaire sont partenaires du Détecteur de rumeurs.

Auteur : Agence Science Presse – Pascal Lapointe

Si un nouveau variant qui semble surgir de nulle part a de quoi provoquer des inquiétudes et oblige à prendre des précautions, le Détecteur de rumeurs constate toutefois qu’il ne faut pas partir la machine à rumeurs trop vite.

Cette page sera remise à jour cette semaine en fonction de l’actualité

1) Un « nouveau » variant ? Pas si sûr

Le 23 novembre, les autorités sanitaires d’Afrique du Sud ont avisé l’Organisation mondiale de la santé (OMS) qu’elles avaient détecté un nouveau variant du coronavirus. Baptisé d’abord « B.1.1.529 », puis de la lettre grecque Omicron, il a été décrété « préoccupant » par l’OMS le 26 novembre à cause d’une trentaine de mutations sur sa protéine S (celle qui facilite l’infection de nos cellules par le virus). C’est un chiffre qui le met dans une catégorie à part, puisqu’il représente le double des mutations du variant Delta, lui aussi classé l’été dernier parmi les « préoccupants » (en anglais, variant of concern).

Or, avec ce que la biologie a appris de l’évolution depuis Darwin, il est fort possible que cet « Omicron » ait eu, quelque part dans le monde, des « grands-parents » avec 29 mutations, ou 28, ou 27, qui ont échappé aux écrans radar. Et les premières analyses génétiques tendent dans cette direction: sur la plateforme NextStrain, qui recense les séquences génétiques de plus de 4000 échantillons du coronavirus depuis janvier 2020, cet Omicron, appelé aussi dans leur jargon « 21K » (en rouge ci-dessous), montre qu’il a comme plus proches parents « connus », des virus du milieu de 2020.

En d’autres termes, les échantillons d’Afrique du Sud, du Botswana et de Hong Kong dont les chercheurs ont analysé les gènes (en date de vendredi), révèlent effectivement faire partie d’une famille différente du virus, mais une famille qui s’est détachée des autres vers le mois de juin 2020. Et qui a donc circulé depuis un an et demi sans que des échantillons n’aient été récoltés pour analyses génétiques. En clair, ce-la signifie qu’Omicron a probablement circulé dans un ou des pays qui font peu de surveillance génétique —soit des pays autres que l’Afrique du Sud, puisque celui-ci a un système d’alerte réputé (Network for Genomic Surveillance in South Africa).

2) Omicron est plus transmissible ? On ne sait pas

Si l’Afrique du Sud l’a repéré maintenant, c’est parce qu’il y a eu une soudaine explosion du nombre de cas dans une région du pays, en seulement une semaine (de 200 nouveaux cas par jour à plus de 2000). Cela pourrait indiquer une très forte transmissibilité. Mais cela pourrait aussi être dû au faible taux de vaccination dans le pays, de seulement 24%. À titre de comparaison, plusieurs pays d’Europe ont en ce moment des poussées du nombre de cas plus élevées que l’Afrique du Sud, et les non-vaccinés sont davantage en cause.

Dimanche, l’OMS réitérait qu’il était encore trop tôt pour savoir si Omicron était plus transmissible que Delta. En même temps, aux Pays-Bas, 13 cas du nouveau variant étaient identifiés parmi 61 passagers testés positifs, à bord de deux avions rentrés d’Afrique du Sud vendredi.

3) Omicron pourrait être résistant aux vaccins ? Peu probable

Chaque variant qui, jusqu’ici, a hérité de l’étiquette « préoccupant » était porteur de caractéristiques inquiétantes. Les vaccins se sont révélés aussi efficaces, ou légèrement moins efficaces, mais jamais inefficaces. On se rappellera par exemple que le variant Beta, qui semblait avoir une plus grande capacité à tromper nos défenses immunitaires, s’est révélé avoir une faible transmissibilité.

4) Omicron provoque des cas plus graves? Pas pour l’instant

Réagissant, non sans impatience, à la tempête de spéculations, les autorités sud-africaines ont tenu à souligner vendredi que les patients observés jusqu’ici avaient tous des symptômes « légers ». En fin de semaine, des experts rétorquaient toutefois qu’il était possible que les premiers cas soient apparus chez des gens plus jeunes, donc moins à risque de subir des complications. Et selon les données du centre de surveillance des maladies sud-africain, le nombre d’hospitalisations a presque quadruplé en deux semaines (de 135 à 580) dans la province de Gauteng, là où est apparue l’éclosion.

Des tests PCR classiques permettent de repérer rapidement une des mutations de la protéine S qui caractérise ce variant, de sorte qu’avec de nombreux pays à présent en état d’alerte, on va découvrir assez vite de nouveaux cas, ce qui va en retour donner assez vite une idée de son niveau de transmissibilité.

Verdict provisoire

Ce virus ayant réservé sa part de surprises depuis deux ans, il est normal de jouer la carte de la prudence, mais il est trop tôt pour s’alarmer. Les experts qui se sont prononcés là-dessus depuis jeudi parlent de délais de « deux à trois semaines » avant d’y voir plus clair.

Ce texte a été mis à jour le 28 novembre avec des déclarations de l’OMS (dimanche) et d’experts (en fin de semaine) et le 29 novembre avec les données d’hospitalisations.