Les recherches sur le microbiote intestinal ont profondément transformé la compréhension du rôle des bactéries dans la santé animale. Chez les poulets, ces microorganismes ne participent pas seulement à la digestion : ils influencent aussi le système immunitaire, la résistance aux maladies et les performances d’élevage. Pourtant, les probiotiques actuellement utilisés présentent plusieurs limites : ils doivent être administrés en continu et sont souvent dérivés de formulations conçues pour d’autres espèces animales, voire pour l’humain. Pour Marcio Costa, professeur agrégé à la Faculté de médecine vétérinaire de l’Université de Montréal, l’enjeu consiste donc à identifier des bactéries spécifiquement adaptées aux poulets. L’objectif est de créer un écosystème bactérien stable capable d’améliorer durablement la santé intestinale, sans les risques associés aux transplantations de microbiote comme la transmission d’agents pathogènes ou de certains qui résistent aux antibiotiques.
Pour mener cette recherche, l’équipe a utilisé des échantillons provenant de poulets biologiques, afin d’isoler des centaines de bactéries intestinales dans une chambre d’anaérobiose. Cet équipement reproduit les conditions sans oxygène de l’intestin et permet de cultiver des espèces particulièrement difficiles à maintenir en laboratoire. Plus d’une centaine d’isolats ont été caractérisés, puis une trentaine d’espèces jugées prometteuses ont été sélectionnées. Les chercheurs ont ensuite testé plusieurs souches capables d’inhiber des bactéries pathogènes comme le Clostridium perfringens. Administrées à des poussins dès leur naissance, certaines bactéries ont démontré une capacité durable de colonisation du cæcum – la première partie du gros intestin –, un défi majeur pour les probiotiques conventionnels. Les résultats montrent également que ces bactéries modifient profondément la composition du microbiote intestinal.
Ces travaux ouvrent la voie à une nouvelle génération de probiotiques aviaires plus ciblés et plus durables. À terme, ces bactéries pourraient servir de plateformes biologiques capables de stimuler l’immunité locale ou même de transporter des molécules vaccinales. Les chercheurs souhaitent maintenant vérifier si les changements observés dans le microbiote améliorent réellement la croissance, la résistance aux infections et la santé globale des volailles. Au-delà du secteur avicole, cette recherche contribue aussi à enrichir les connaissances fondamentales sur le microbiote et ses interactions avec l’organisme hôte, un domaine en pleine expansion en médecine humaine et vétérinaire.
Références
Franco, L., Boulianne, M., Parent, E., Barjesteh, N., et Costa, M. C. (2023). Colonization of the gastrointestinal tract of chicks with different bacterial microbiota profiles. Animals, 13(16), 2633. https://doi.org/10.3390/ani13162633
Kern, L., Tofield, A., Frame, J., et Elinav, E. (2026). Next-generation probiotics: An outlook into current applications and future developments. Nature Reviews Microbiology. Prépublication en ligne. https://doi.org/10.1038/s41579-026-01311-0
